В 1993 году по поручению Министерства путей сообщения РФ (МПС РФ) «Ленгипротранс» разработал проект реконструкции ряда пограничных станций в связи с изменением государственных границ страны. Было предусмотрено сооружение передаточной станции Себеж, удаленной от государственной границы с Латвией на 22,6 км, и пограничного контрольного пункта Посинь, удаленного от госграницы на 7,6 км.
Важнейшим вопросом при проектировании межгосударственных станций является их расположение относительно государственных границ. Создание объединенной станции между 2-мя государствами дает преимущества в виде сокращения простоя поездов на таможенном контроле и снижения затрат на строительство. С учетом этого в 1997 году был подписан меморандум между МПС РФ и Латвийскими железными дорогами о создании объединенной пограничной станции Себеж.
Станция Себеж расположена в крайне неблагоприятных условиях с точки зрения водоохранной зоны водоемов и зоны жилой застройки. Был разработан комплекс природоохранных мероприятий, в соответствии с которым воздействие проектируемых объектов железнодорожного транспорта на окружающую среду не превышало действующих норм.
На станции предусмотрены все необходимые устройства для технического, коммерческого, таможенного и пограничного досмотра поездов, проходящих через государственную границу, проверка перевозочных документов и паспортный контроль пассажиров.
